L'area del Parco si estende per circa 6770 ettari sui due versanti del Monte Marguareis (2651 m.), la cima più alta delle Alpi Liguri. I tratti morfologici di questo gruppo montuoso sono unici per la struttura calcarea che ha favorito la formazione di grandi conche carsiche, di grotte (circa 700) e pareti strapiombanti che conferiscono ai versanti un aspetto dolomitico.

Il territorio protetto comprende due Valli: la Valle Pesio e una porzione dell'alta Valle Tanaro, ponte naturale fra il Piemonte e le vicine province di Imperia e Savona.

Fanno riferimento allo stesso Ente di Gestione la Riserva Naturale Speciale di Crava - Morozzo, la Riserva Naturale Sorgenti del Belbo, la Riserva Naturale Augusta Bagiennorum e la Riserva dei Ciciu del Villar.