Le Musée Naturaliste Missionnaire, dans les locaux adjacents à la Certosa, expose des objets provenant de tribus indigènes, rassemblés par les missionnaires  en Amazonie et en Afrique. Avec les pièces  ethnographiques  sont conservés des exemplaires d'animaux empaillés  typiques des deux continents et quelques pièces  naturalistes de la Vallée.